कोविड -19 लचीलापन के लिए जीन: संबंधित डीएनए मार्करों की पहचान कोरोनावायरस प्रतिरोध औरसंवेदनशीलता
कोरोनावायरस (CoVs) (आदेश Nidovirales, परिवार Coronaviridae,
उपपरिवार
कोरोनाविरीना) जिम्मेदार हैंकई में श्वसन रोग के प्रकोप के लिए
कशेरुकी प्रजातियाँ।
वे एकल का एक बड़ा परिवार हैं-फंसे हुए आरएनए से ढके वायरस (+ssRNA) जो कर सकते हैं
अलग-थलग हो
विभिन्न जानवरों की प्रजातियां। उनके पासजीनोम आकार 26 से 32 किलोबेस के बीच
(केबी) लंबाई में,
आरएनए के लिए सबसे बड़ा जीनोम होने के नातेवायरस (परिणामस्वरूप प्रभावशीलता में वृद्धि
फेसमास्क का).
COVID-19 को गंभीर तीव्र के रूप में भी जाना जाता हैश्वसन सिंड्रोम कोरोनावायरस 2 (SARS-CoV-2),
या "उपन्यास
कोरोनावायरस 2019" एक नया वायरस है
और हम अभी समझने लगे हैंमनुष्यों में प्रतिरोध और संवेदनशीलता।
कोविड-19 और गंभीर अक्षय श्वसन सिंड्रोम (SARS) के बीच एक समानता है कि दोनों वायरस अंगोटिसिन-कनवर्टिंग एन्जीम 2 (ACE2 रिसेप्टर) के माध्यम से उनके मानव मेजबानों को संक्रमित करते हैं और समान क्लिनिकल और पैथोलॉजिक विशेषताएं का कारण बनते हैं। रिसेप्टर बाइंडिंग के लिए जिम्मेदार स्पाइक प्रोटीन 2019-nCoV और SARS-CoV के बीच बहुत ही समान है, यह एक ही रिसेप्टर के लिए काफी चयन के परिणाम है (Wu., 2020)। सर्स के खिलाफ हमारे शरीर के कैसे रक्षा करता है, उससे हम कोविड-19 के खिलाफ हमारे शरीर के कैसे रक्षा कर सकते हैं की जानकारी मिल सकती है।
कई हाल ही में किए गए जीनोम वाइड एसोसिएशन स्टडीज (GWAS) ने कोविड-19 से क्यों कुछ व्यक्ति को कुछ भी नहीं होता है और कुछ व्यक्ति के लिए यह वायरस जीवन खतरे में या फिर मौत के लिए हो सकता ह
इस पोस्ट में, हम सहकर्मी की समीक्षा किए गए साहित्य की समीक्षा प्रदान करते हैं औरवर्तमान के लिए उम्मीदवार जीन के बारे में जानकारीSARS-CoV प्रतिरोध। अगर आपने घर पर डीएनए टेस्ट लिया है जैसे जो 23andMe, वंश से उपलब्ध हैंडीएनए, डांटे लैब, आप अपने कच्चे डीएनए डेटा का मूल्यांकन कर सकते हैं और देख सकते हैं आपके डीएनए अनुक्रम की तुलना कैसे की जाती हैशोध के निष्कर्ष।
कोरोनावायरस प्रतिरोध या संवेदनशीलता के लिए अपने डीएनए का विश्लेषण कैसे करें?
कदम 1) अपनी कच्ची ऑटोसोमल डीएनए फाइल डाउनलोड करें और एक सुरक्षित और सुरक्षित स्थान पर इसे सेव करें
अपने डीएनए डेटा का विश्लेषण करने के लिए, अपनी कच्ची ऑटोसोमल डीएनए को डाउनलोड करके एक सुरक्षित स्थान पर सेव करें। यहां आपको अपनी कच्ची डीएनए फाइल को डाउनलोड करने के लिए निर्देश मिलेंगे: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
चरण 2) अपनी कच्ची डीएनए फ़ाइल का विश्लेषण करें
एक टेक्स्ट एडिटर जैसे "टेक्स्ट रैंगलर" या "नोटपैड" का उपयोग करके अपने कच्चे डीएना डेटा को "खोज" फंक्शन का उपयोग करके खोजें।
अपने कच्चे डीएना फ़ाइल को खोलें और आपको अद्वितीय SNP ID (rs# या i#), अक्षर, स्थिति और जीनोटाइप के शीर्षक दिखाई देंगे। हर डायरेक्ट टू कस्मर डीएना टेस्टिंग कंपनी के बीच स्वरूप के अलावा थोड़ा अलग होता है।
कोविड-१९ से खराब रिकवरी के खतरे को मूल्यांकन करने के लिए नीचे वर्णित डीएना मार्कर को देखें:
कुछ विशाल विश्व संबंधी अनुसंधान (GWAS) हाल ही में प्रकाशित हुए हैं जो सार्स-कोवी-२ से संक्रमित रोगी में श्वसन विफलता से संबंधित लोकी के बारे में वर्णन करते हैं और तीन अनुसंधान नीन्दर्तल्स से आयुर्वेदिक रूप से निहारी जाने वाली ~50 kb जीनोमिक खंड में एसपीआई मार्कर (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). इसके अलावा इन जीडब्ल्यूएएस अध्ययनों ने कई अन्य डीएनए की भी पहचान कीमार्कर जो COVID-19 से जुड़े हैं, और प्रत्येकइनमें से नीचे तालिका में प्रस्तुत किया गया है।
इसके अलावा, इस पोस्ट में संबंधित अन्य DNA मार्कर्स शामिल हैं जो SARS से संबंधित थे, और उन्हें मानव श्वसन कोरोनावायरस NL63, SARS-कोरोनावायरस (SARS-CoV) और नया कोरोनावायरस 2019-nCoV / SARS-CoV के लिए एक ही रेसेप्टर अंगोटिन-कन्वर्टिंग एन्जीम-2 (ACE2) पर स्थित थे (Li et al., 2017; Lu et al., 2019)। कोरोनावायरस के स्पाइक प्रोटीन को ACE2 रेसेप्टर से मेल खाने के लिए विकसित किया गया है, इसलिए उन व्यक्तियों में जो प्रोटीन सीमेंस को बदलने वाले वैरिएंशन होते हैं, उनमें covid-19 के साथ कुछ स्तर का रिसिस्टेंस होगा। नीचे ACE2 ट्रांस्क्रिप्ट NM_021804.2 से नॉन-सिनोन्योमस एसएनपी दिए गए हैं और विशेष रूप से जो मेजर बदलाव के कारण आते हैं जैसे rs199951323 जो एक पूर्ववर्ती स्टॉप कोडन के कारण परिणाम देता है।
| जीन | dbsnp | गुणसूत्र (GRCh37) | POS | REF | ALT | जोखिम एलील | मार्कर प्रभाव | संदर्भ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | ससेप्टिबिल वेरिएंट टी: टी और टी: सी पुरुष मेंs | ऑड्स रेशियो 1.44 | Roberts., 2020; |
| SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | जोखिम जीनोटाइप G:G और A:G, 3_prime_UTR_variant | अस्पताल में भर्ती होने का ऑड्स रेश्यो = 8.29 | |
| LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | जोखिम जीनोटाइप G:G और A:G, intron_variant,genic_upstream_transscript_variant | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
| LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- उच्च श्वसन विफलता की संवेदनशीलता है, intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | जोखिम जीनोटाइप टी: सी और सी: सी, intron_variant | विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
| LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | जोखिम जीनोटाइप G:A और A:A, intron_variant | विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7 | |
| LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | जोखिम जीनोटाइप G:A और G:G, intron_variant | विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7 | |
| LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | जोखिम जीनोटाइप C:T और C:C, intron_variant | विषमयुग्मजी वाहकों के लिए विषम अनुपात 1.7 | |
| ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | एक जोखिम एलील, intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
| Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | रिस्क एलील इज डिलीशन | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
| IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | संवेदनशील विविधताएं टी: टी, सी: टी | p=1.9x10-7 | |
| Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | संवेदनशील विविधताएं टी: टी और टी: सी | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
| TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | जोखिम जीनोटाइप टी: जी और टी: टी, मिसेन्स_वेरिएंट | Made et al., 2020; | |
| समानार्थी एसएनपी ACE2 . में तैनात हैं | ||||||||
| ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | मिसेंस_वेरिएंट | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
| ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | मिसेंस_वेरिएंट | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
| ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | मिसेंस_वेरिएंट | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
| ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | मिसेंस_वेरिएंट | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
| ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | मिसेंस_वेरिएंट | p.Arg710His/c.2129G>A | |
| ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | मिसेंस_वेरिएंट | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
| ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | मिसेंस_वेरिएंट | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
| ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | मिसेंस_वेरिएंट | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
| ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
| ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | मिसेंस_वेरिएंट | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
| ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | मिसेंस_वेरिएंट | ||
| ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | splice_region_variant+intron_variant | c.1541+5A>G | |
| ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | मिसेंस_वेरिएंट | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
| ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | मिसेंस_वेरिएंट | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
| ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | मिसेंस_वेरिएंट | p.Val184Ala/c.551T>C | |
| ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | मिसेंस_वेरिएंट | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
| ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | मिसेंस_वेरिएंट | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
| ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | मिसेंस_वेरिएंट | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
| ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | splice_region_variant+intron_variant | c.439+4G>A | |
| ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | splice_region_variant+intron_variant | c.345+5G>A | |
| ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | मिसेंस_वेरिएंट | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
| ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | मिसेंस_वेरिएंट | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
| सार्स से जुड़े एसएनपी | ||||||||
| CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | संवेदनशील जीनोटाइप A:A, upstream_transscript_variant | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |