covid-19レジリエンスの遺伝子:対応するDNAマーカーの同定 コロナウイルス耐性と感受性

Dr. Timothy Sexton

Coronavirus Genetic Markers: An Overview of Their Role in Diagnosis and Treatment.


コロナウイルス(CoV)(ニドウイルス目コロナウイルス科)i>、 サブファミリー コロナウイルス)が責任を負います多くの呼吸器疾患の発生について 脊椎動物種。 彼らはシングルの大家族です-鎖状RNAエンベロープウイルス(+ ssRNA)は 隔離される さまざまな動物種。彼らは持っている26から32キロベースの範囲のゲノムサイズ (kb)の長さ RNAの最大のゲノムであることウイルス(結果として有効性が高まる フェイスマスクの。 COVID-19は重症急性としても知られています呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)、 または 小説 コロナウイルス2019 は新しいウイルスです そして私たちは理解し始めたばかりです人間の抵抗と感受性。


COVID-19は、同じ受容体である血管拡張酵素2(ACE2受容体)を介して人間のホストに感染し、同様の臨床的および病理学的特徴を引き起こすことで、重症急性呼吸器症候群(SARS)と類似しています。 興味深いことに、受容体結合を担うスパイクタンパク質は、2019-nCoVとSARS-CoVの間で非常に類似しており、これは同じ受容体に対する重要な選択の結果です(Wu。、2020)。 SARSに対する我々の体がどのように防御するかを調べることで、COVID-19に対する我々の体がどのように防御するかが明らかになるかもしれません。 最近のゲノムワイド関連研究(GWAS)により、一部の個人がCOVID-19にほとんど影響を受けないのか、他の個人にとっては、ウイルスが生命を脅かすか、さらには致命的な場合があるのかを説明するための遺伝的変異をより深く理解することができました。

この投稿では、査読済みの文献のレビューを提供し、現在 候補遺伝子に関する情報SARS-CoV耐性。自宅でDNA検査を受けた場合 23andMe、Ancestryから入手可能なものDNA、ダンテラボ、生のDNAデータを評価して見ることができます あなたのDNA配列がどのように比較されるか研究結果。


DNAをコロナウイルス耐性または感受性について分析する方法?


ステップ1)生のオートソーマルDNAファイルをダウンロードし、安全な場所に保存します。

DNAデータを分析するには、まず生のオートソーマルDNAをダウンロードし、安全な場所に保存します。 ここには、次から生のDNAファイルをダウンロードする方法が記載されています。 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.


ステップ2)生のDNAファイルを分析する


テキストエディタ(Text WranglerやNotepadなど)の「検索」機能を使用して、raw DNAデータを検索します。

raw DNAファイルを開くと、ユニークなSNP ID(rs#またはi#)、染色体、位置、ジェノタイプのヘッダーが表示されます。各直接消費者DNA検査会社間では、フォーマットが少し異なります。


以下で説明するDNAマーカーを見て、COVID-19からの悪い回復のリスクを評価します。

SARS-CoV-2に感染した患者の呼吸不全に関連するロシーがいくつかのゲノムワイド関連研究(GWAS)で近年公開されました。3つの研究では、ネアンデルタールから継承される同じ~50 kbのゲノム領域にSNPマーカーが特定されました。 (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). さらに、これらのGWAS研究では、他の多くのDNAも特定されましたそのマーカー COVID-19に関連付けられており、それぞれこれらのうち、以下の表に示されています。


また、この投稿で取り上げられた他のDNAマーカーには、SARSと関連付けられたrs4804803、人間の呼吸器コロナウイルスNL63、SARSコロナウイルス(SARS-CoV)、および新型コロナウイルス2019-nCoV / SARS-CoV(Li et al。、2017; Lu et al。、2019)と同じ受容体である血管拡張酵素2(ACE2)受容体に位置するものがあります。コロナウイルスのスパイクタンパク質がACE2受容体に一致するように進化したため、タンパク質配列を変化させる変異がある場合、covid-19へのいくつかの抵抗をもたらす可能性があります。 ACE2転写物NM_021804.2からのノンシノニムSNPが以下に示されており、rs199951323など、早期停止コドンを引き起こすSNPが特に興味深い。


遺伝子 dbsnp 染色体(GRCh37) POS REF ALT リスク対立遺伝子 マーカー効果 参照
IVNS1ABP rs6668622 1 185414582 T C 男性の感受性変異体 T:T および T:Cs オッズ比1.44 Roberts., 2020;
SRRM1 rs111972040 1 24999361 A G リスク遺伝子型G:GおよびA:G、3_prime_UTR_variant 入院のオッズ比= 8.29
LZTFL1 rs35044562 3 45909024 A G リスク遺伝子型G:GおよびA:G、intron_variant、genic_upstream_transcript_variant odds ratio 1.60 Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo
LZTFL1 rs11385942 3 45876460 A - or A or AAA InDel, A:A and A:- 呼吸不全の感受性が高い、intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
LZTFL1 rs10490770 *LD with rs11385942 3 45864732 T C リスク遺伝子型T:CおよびC:C、intron_variant ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7 Zeberg and Pääbo., 2020;
LZTFL1 rs67959919 *LD with rs11385942 3 45871908 G A リスク遺伝子型G:AおよびA:A、intron_variant ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7
LZTFL1 rs35624553 *LD with rs11385942 3 45867440 A G リスク遺伝子型G:AおよびG:G、intron_variant ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7
LZTFL1 rs71325088 *LD with rs11385942 3 45862952 T C リスク遺伝子型C:TおよびC:C、intron_variant ヘテロ接合性保因者のオッズ比1.7
ABO rs657152 9 136139265 A C or T リスク対立遺伝子、intron_variant odds ratio 1.77 Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020
Intergenic rs5798227 12 53120100 C - リスク対立遺伝子は欠失です p = 2.2x10-7 Blokland et al., 2020;
IGHV3-7 rs11844522 14 106522576 C T 感受性の高い変動T:T、C:T p=1.9x10-7
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) rs73166864 22 23340580 T C or G 感受性の高い変動T:TおよびT:C odds ratio 1.7 Roberts., 2020;
TLR7 rs200553089 ChrX 12906010 G T リスク遺伝子型T:GおよびT:T、missense_variant Made et al., 2020;
ACE2に配置された同義のSNP
ACE2 rs373153165 chrX 15580093 C T or A missense_variant p.Asp785Asn/c.2353G>A Cao et al., 2020
ACE2 rs140016715 chrX 15582154 G A missense_variant p.Arg768Trp/c.2302C>T
ACE2 rs147311723 chrX 15582265 G A missense_variant p.Leu731Phe/c.2191C>T
ACE2 rs41303171 chrX 15582298 T C missense_variant p.Asn720Asp/c.2158A>G
ACE2 rs370187012 chrX 15582327 C T missense_variant p.Arg710His/c.2129G>A
ACE2 rs776995986 chrX 15582334 G A missense_variant p.Arg708Trp/c.2122C>T
ACE2 rs149039346 chrX 15584416 A G missense_variant p.Ser692Pro/c.2074T>C
ACE2 rs200180615 chrX 15584488 C T missense_variant p.Glu668Lys/c.2002G>A
ACE2 *rs199951323 chrX 15585879 A C stop_gained p.Leu656*/c.1967T>G
ACE2 rs183135788 chrX 15585933 T C missense_variant p.Asn638Ser/c.1913A>G
ACE2 rs748163894 chrX 15588434 G A missense_variant
ACE2 rs202137736 chrX 15591485 T C splice_region_variant + intron_variant c.1541+5A>G
ACE2 rs140473595 chrX 15591530 C T missense_variant p.Ala501Thr/c.1501G>A
ACE2 rs191860450 chrX 15593829 T C missense_variant p.Ile468Val/c.1402A>G
ACE2 rs758142853 chrX 15609868 A G missense_variant p.Val184Ala/c.551T>C
ACE2 rs754511501 chrX 15609902 C T missense_variant p.Gly173Ser/c.517G>A
ACE2 rs746034076 chrX 15609943 T C missense_variant p.Asn159Ser/c.476A>G
ACE2 rs373252182 chrX 15609973 T C missense_variant p.Asn149Ser/c.446A>G
ACE2 rs2285666 chrX 15610348 C T splice_region_variant + intron_variant c.439+4G>A
ACE2 rs768736934 chrX 15612963 C T splice_region_variant + intron_variant c.345+5G>A
ACE2 rs4646116 chrX 15618958 T C missense_variant p.Lys26Arg/c.77A>G
ACE2 rs73635825 chrX 15618980 A G missense_variant p.Ser19Pro/c.55T>C
SARSに関連するSNP
CD209 rs4804803 19 7812733 A G 感受性遺伝子型A:A、upstream_transcript_variant NC_000019.10:7747846 Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010


注目すべき興味深い観察の1つは、ACE2遺伝子が上に位置していることですX染色体、 男性は のコピーを1つだけ継承することを意味しますこの遺伝子。 によって提供される追加の多様性女性の2番目のXにあるACE2遺伝子の2番目のコピー染色体は、女性が少ない理由を説明するのに部分的に役立つ可能性があります covid-19の影響を受けやすい。


ステップ3)遺伝子型/ SNPを追加の研究結果と比較する

これに関連する情報を説明する豊富なリソースがありますSNPチェックアウト dbSNPとSNPedia


dbSNP

dbSNPは、一般的な変異体と臨床的な変異体の両方に関する出版物、集団頻度、分子的結果、ゲノムおよびRefSeqマッピング情報を含む、人間の単一核酸変異、ミクロサテライト、小規模挿入および削除を含む。


SNPpedia

SNPedia"は、人間の遺伝子を調査するウィキです。彼らはDNAの変化の影響に関する情報を共有し、同業の評価された科学的出版物を引用しています。PrometheaseがあなたのDNA変異を公開された情報にリンクする個人レポートを作成するのに使用されています。



**DNAの結果に見られるものが気になる場合は、どうぞあなたに話しかけてください 医者、または遺伝学評議員




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