covid-19 恢复力的基因:识别相应的 DNA 标记 抗冠状病毒和敏感性
冠状病毒 (CoVs)(Nidovirales 目,Coronaviridae科我>,
亚科
Coronavirinae) 负责用于许多呼吸道疾病的爆发
脊椎动物物种。
他们是单身的大家庭链 RNA 包膜病毒 (+ssRNA),可以
被隔离在
不同的动物种类。他们有基因组大小在 26 到 32 kb 之间
(kb) 长度,
作为最大的 RNA 基因组病毒(因此提高了有效性
的口罩)。
COVID-19 也称为严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2),
或 "小说
coronavirus 2019" 是一种新病毒
而我们才刚刚开始了解人类的抵抗力和敏感性。
COVID-19与严重急性呼吸综合征(SARS)有相似之处,即两种病毒都通过相同的受体血管紧张素转换酶2(ACE2受体)感染人类宿主,并引起类似的临床和病理特征。有趣的是,负责受体结合的突触蛋白在2019-nCoV和SARS-CoV之间高度相似,这是对同一受体的显著选择的结果(Wu.,2020)。研究我们身体如何抵抗SARS可能会揭示我们的身体如何抵抗covid-19。
最近的多组基因组宽度关联研究(GWAS)提供了更深入的见解,可以帮助解释为什么一些人几乎不受COVID-19的影响,而对其他人来说,这种病毒是致命的甚至致命的。
在这篇文章中,我们提供了同行评审文献的回顾和现在 关于候选基因的信息SARS-CoV 抗性。如果您在家中进行过 DNA 测试,例如 来自 23andMe, Ancestry 的那些DNA,Dante 实验室,你可以评估你的原始 DNA 数据并查看 你的 DNA 序列与你的 DNA 序列相比如何研究成果。
如何分析您的 DNA 对冠状病毒的抗性或易感性?
步骤1)下载您的原始染色体DNA文件并将其保存到安全可靠的位置
要分析您的DNA数据,首先下载您的原始染色体DNA并将其保存到安全位置。 以下是从中下载原始DNA文件的说明: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.
步骤 2) 分析您的原始 DNA 文件
使用文本编辑器(如“文本折叠”或“记事本”),使用“查找”功能搜索您的原始DNA数据。
打开您的原始DNA文件,您将注意到唯一SNP ID(rs#或i#),染色体,位置和基因型的标题。每个直接消费者DNA测试公司的格式略有不同。
要评估您患COVID-19后恢复不良的风险,请查看下面描述的DNA标记:
最近发表了几项全基因组关联研究(GWAS),描述了感染SARS-CoV-2的患者呼吸衰竭的基因组位点,三项研究在从尼安德特人继承的相同~50 kb基因组段中识别出SNP标记。 (Ellinghaus D et al., 2020, Zeberg & Pääbo, and Blokland et al., 2020). 此外,这些 GWAS 研究还确定了许多其他 DNA标记 与 COVID-19 相关,并且每个 这些在下表中列出。
此外,本文还涵盖了其他DNA标记,其中包括与SARS有关的rs4804803,以及位于血管紧张素转换酶-2(ACE2)受体上的标记,该受体被证明是人类呼吸道冠状病毒NL63,SARS冠状病毒(SARS-CoV)以及新型冠状病毒2019-nCoV / SARS-CoV(李等,2017 ;陆等,2019 )的受体。由于冠状病毒的尖刺蛋白已经进化以匹配ACE2受体,因此变异导致蛋白质序列发生变化的个体可能会在一定程度上抵抗covid-19。 以下是ACE2转录本NM_021804.2中的非同义SNP,特别值得注意的是导致重大变化的SNP,例如rs199951323,它会导致早期停止密码子。
基因 | dbsnp | 染色体 (GRCh37) | POS | REF | ALT | 风险等位基因 | 标记效果 | 参考 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
IVNS1ABP | rs6668622 | 1 | 185414582 | T | C | 男性易感变异 T:T 和 T:Cs | 优势比 1.44 | Roberts., 2020; |
SRRM1 | rs111972040 | 1 | 24999361 | A | G | 风险基因型 G:G 和 A:G, 3_prime_UTR_variant | 住院优势比 = 8.29 | |
LZTFL1 | rs35044562 | 3 | 45909024 | A | G | 风险基因型 G:G 和 A:G, intron_variant,genic_upstream_transcript_variant | odds ratio 1.60 | Blokland et al., 2020; Zeberg & Pääbo |
LZTFL1 | rs11385942 | 3 | 45876460 | A | - or A or AAA | InDel, A:A and A:- 具有较高的呼吸衰竭易感性,intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
LZTFL1 | rs10490770 *LD with rs11385942 | 3 | 45864732 | T | C | 风险基因型 T:C 和 C:C, intron_variant | 杂合子携带者的优势比 1.7 | Zeberg and Pääbo., 2020; |
LZTFL1 | rs67959919 *LD with rs11385942 | 3 | 45871908 | G | A | 风险基因型 G:A 和 A:A, intron_variant | 杂合子携带者的优势比 1.7 | |
LZTFL1 | rs35624553 *LD with rs11385942 | 3 | 45867440 | A | G | 风险基因型 G:A 和 G:G, intron_variant | 杂合子携带者的优势比 1.7 | |
LZTFL1 | rs71325088 *LD with rs11385942 | 3 | 45862952 | T | C | 风险基因型 C:T 和 C:C, intron_variant | 杂合子携带者的优势比 1.7 | |
ABO | rs657152 | 9 | 136139265 | A | C or T | 风险等位基因,intron_variant | odds ratio 1.77 | Ellinghaus et al., 2020; Roberts., 2020 |
Intergenic | rs5798227 | 12 | 53120100 | C | - | 风险等位基因是缺失 | p = 2.2x10-7 | Blokland et al., 2020; |
IGHV3-7 | rs11844522 | 14 | 106522576 | C | T | 易感变异 T:T, C:T | p=1.9x10-7 | |
Immunoglobulin Lambda Locus (IGL) | rs73166864 | 22 | 23340580 | T | C or G | 易感变异 T:T 和 T:C | odds ratio 1.7 | Roberts., 2020; |
TLR7 | rs200553089 | ChrX | 12906010 | G | T | 风险基因型 T:G 和 T:T,错义变体 | Made et al., 2020; | |
位于 ACE2 中的同义 SNP | ||||||||
ACE2 | rs373153165 | chrX | 15580093 | C | T or A | 错义变体 | p.Asp785Asn/c.2353G>A | Cao et al., 2020 |
ACE2 | rs140016715 | chrX | 15582154 | G | A | 错义变体 | p.Arg768Trp/c.2302C>T | |
ACE2 | rs147311723 | chrX | 15582265 | G | A | 错义变体 | p.Leu731Phe/c.2191C>T | |
ACE2 | rs41303171 | chrX | 15582298 | T | C | 错义变体 | p.Asn720Asp/c.2158A>G | |
ACE2 | rs370187012 | chrX | 15582327 | C | T | 错义变体 | p.Arg710His/c.2129G>A | |
ACE2 | rs776995986 | chrX | 15582334 | G | A | 错义变体 | p.Arg708Trp/c.2122C>T | |
ACE2 | rs149039346 | chrX | 15584416 | A | G | 错义变体 | p.Ser692Pro/c.2074T>C | |
ACE2 | rs200180615 | chrX | 15584488 | C | T | 错义变体 | p.Glu668Lys/c.2002G>A | |
ACE2 | * |
chrX | 15585879 | A | C | stop_gained | p.Leu656*/c.1967T>G | |
ACE2 | rs183135788 | chrX | 15585933 | T | C | 错义变体 | p.Asn638Ser/c.1913A>G | |
ACE2 | rs748163894 | chrX | 15588434 | G | A | 错义变体 | ||
ACE2 | rs202137736 | chrX | 15591485 | T | C | 剪接区变体+内含子变体 | c.1541+5A>G | |
ACE2 | rs140473595 | chrX | 15591530 | C | T | 错义变体 | p.Ala501Thr/c.1501G>A | |
ACE2 | rs191860450 | chrX | 15593829 | T | C | 错义变体 | p.Ile468Val/c.1402A>G | |
ACE2 | rs758142853 | chrX | 15609868 | A | G | 错义变体 | p.Val184Ala/c.551T>C | |
ACE2 | rs754511501 | chrX | 15609902 | C | T | 错义变体 | p.Gly173Ser/c.517G>A | |
ACE2 | rs746034076 | chrX | 15609943 | T | C | 错义变体 | p.Asn159Ser/c.476A>G | |
ACE2 | rs373252182 | chrX | 15609973 | T | C | 错义变体 | p.Asn149Ser/c.446A>G | |
ACE2 | rs2285666 | chrX | 15610348 | C | T | 剪接区变体+内含子变体 | c.439+4G>A | |
ACE2 | rs768736934 | chrX | 15612963 | C | T | 剪接区变体+内含子变体 | c.345+5G>A | |
ACE2 | rs4646116 | chrX | 15618958 | T | C | 错义变体 | p.Lys26Arg/c.77A>G | |
ACE2 | rs73635825 | chrX | 15618980 | A | G | 错义变体 | p.Ser19Pro/c.55T>C | |
与 SARS 相关的 SNP | ||||||||
CD209 | rs4804803 | 19 | 7812733 | A | G | 易感基因型 A:A,upstream_transcript_variant | NC_000019.10:7747846 | Sakuntabhai et al., 2005; Chan et al., 2010 |